Если состоите в реестре малого и среднего предпринимательства, то санкции делят пополам и собственно закрепили принцип: одна проверка (одна статья КоАП РФ) - один протокол.
И еще один момент если штрафанули должностное и организация приняла все меры для соблюдения правил и норм, то юрлицо не штрафуют.
Особенно в свете того как я попал недавно на ч. 4 ст. 18.15 КоАП РФ (планируют 5 протоколов от 400 тыс. до 1 млн.). Здесь в помощь ст. 1.7 КоАП РФ Действие законодательства об административных правонарушениях во времени (надеюсь отобьюсь).