Наводящие вопросы: что используете для формирования подписи - Java, dotNet или что-то другое? И Java и dotNet представляют собой обновляемые платформы для Вашего кода, даже если не меняли свой код, изменение платформы может сказаться на его работе. Соответственно вопрос не обновлялись ли Java, dotNet ближайшие дни? Не обновлялся ли криптопровайдер? Не менялись ли настройки криптопровайдера/Java, dotNet? Какие-то другие обновления операционной системы (ос) затрагивающие интернет соединения или криптоядро ос не ставились? Бывают случаи когда обновления ос сбивают регистрацию библиотек криптопровайдера (номера алгоритмов частично пересекаются) и хотя криптоядро ос не умеет работать с ГОСТ, но пытается.
Сертификату тоже не обязательно меняться. Не закончился ли сертификат? А сертификат удостоверяющего центра? Не лежит ли сайт удостоверяющего центра в отключке? Устанавливается ли защищенный тоннель с этим сертификатом? Например, по СМЭВ иногда не проходят проверку сообщения, когда федеральный узел смэв не может получить список отзыва или OCSP ответ от УЦ. И хотя у нас проверка проходит и ответ виден глазами в глубине XML, но SOAP-конверт "кричит" об ошибке, структура SOAP нарушена и вытащить оттуда данные проблематично.
Как видите, даже без ГИС, изменения кода и сертификата для успешного запроса нужно пройти длинную цепочку и сбой может оказаться в разных местах. Однако если ничего этого не подтвердилось - не забудьте написать в техподдержку ГИС, может это на их стороне Java обновилась или еще что.