Теплосчетчик Вы должны устанавливать в соответствии с правилами учета 1034ПП и методики к ним. Теплосчетчик должен стоять на вводе теплосети в дом, учитывать всё тепло. РСО только общий счетчик примет. Все остальные счетчики на ответвлениях (на отопление, подогрев воды) РСО по барабану. Но Вы конечно можете их поставить хоть на каждом ответвлении теплосети если деньги позволяют. У меня есть один такой дом где стоит двухконтурный теплосчетчик ЭЛЬФ-04. Один контур считает всё тепло, а второй отдельно на отопление. В программе для снятия показаний делается разделение, ну то есть уже компьютер при формировании распечатки из общей цифры вычитает отопление и получаем тепло на ГВС.
Если Вы установите теплосчетчик так что один контур будет учитывать всё тепло, а второй на контур подогрева ГВС, то летом у Вас будет очень нехорошая картина. Так как отопление летом отключено, то оба контура теплосчетчика будут учитывать только тепло расходуемое на ГВС. То есть получится как бы два последовательно установленных теплосчетчика. Из-за неизбежной погрешности показания разойдутся и что Вы будите делать с этой разницей, какое их двух показаний за истину примете? Зимой она (разница из-за погрешностей) на отопление размажется и будет незаметна, а вот летом... Поэтому чисто я рекомендую, если уж хотите раздельный учет, то ставьте на общий ввод (в соответствии с правилами) для расчета с РСО, а второй контур чисто на отопление. Подогрев ГВС - вычитанием. Летом контур отопления будет показывать стабильно 0 и никакой свистопляски с показаниями не будет.