Начнем с банального вопроса: вы както препятствовали этой пристройке?
Думаю у вас в нижнем ящике стола лежит минимум 2 требования ушлому жыльцу о том, что он незаконно пристройку городит и надо ему ее снести пока не поздно. Он конечно от подписи отказался, что зафиксировано вашими сотрудниками и в идеале соседом-жалобщиком. Если такие требования сразу в ящике не нашлись, поищите получше, они там точно есть, иначе вы не докажете в суде, что предпринимали какие-то действия по воспрепятствованию самовольной постройке, а это банальное бездействие и судья долго не раздумывая влепит вам штраф.
Второй вопрос: нарушение чего конкретно в необъятном списке лицензионных требований вам вменяют, я имею ввиду ПП491, П170 или чтото абстрактное? От этого будет зависеть ваша линия защиты в суде.
Третье: идите оспаривайте в суде предписание, полюбому, если арбитраж скажет, что ГЖИ законно вам вынесло это предписание, то у вас потом в СОЮ будет чем махнуть перед носом у судьи которая сходу заверещит об отсутствии у вас полномочий на предъявление таких исковых требований, а если повезет вы в арбитраже предписание отмените, эт еще лучше.